ในปี พ.ศ. 2549 ปราโมทย์ นาครทรรพ เป็นผู้อ้างในงานสัมมนาที่มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ว่า พันตำรวจโท ทักษิณ ชินวัตร เป็นผู้อยู่เบื้องหลังแผนฟินแลนด์ หรือปฏิญญาฟินแลนด์ ต่อมา วันที่ 30 พฤษภาคม ปีเดียวกัน ทักษิณ ชินวัตร พร้อมกับธนา เบญจาธิกุล ทนายความจากพรรคไทยรักไทย ได้ยื่นฟ้องสนธิ ลิ้มทองกุล บรรณาธิการ, ขุนทอง ลอเสรีวานิช คอลัมนิสต์, ศ.ดร.ปราโมทย์ นาครทรรพ ผู้บริหาร, เสาวลักษณ์ ธีรานุจรรงค์ และเว็บมาสเตอร์ ปัญจภัทร อังคสุวรรณ ในข้อหาหมิ่นประมาท การฟ้องร้องมีเนื้อหากล่าวหาว่าบทความดังกล่าวมีเจตนาทำลายพรรคไทยรักไทยและอนาคตทางการเมืองของทักษิณโดยการทำให้สาธารณชนเชื่อว่าพรรคมีแผนการล้มล้างระบอบราชาธิปไตยภายใต้รัฐธรรมนูญ แต่การฟ้องร้องดังกล่าวถูกวิพากษ์วิจารณ์และอ้างว่า ทักษิณพยายามเซ็นเซอร์สื่อ[ต้องการอ้างอิง]

ต่อมาเมื่อวันที่ 25 มีนาคม พ.ศ. 2552 ศาลอาญาอ่านคำพิพากษาคดีหมายเลขดำที่ อ.1747/2549 ที่พันตำรวจโท ทักษิณ ชินวัตรและพรรคไทยรักไทยเป็นโจทก์ยื่นฟ้องสนธิและพวกเป็นจำเลยรวม 11 คน โดยมีความเห็นว่า แม้จะมีการกล่าวถึงปฏิญญาฟินแลนด์ แต่ไม่มีการยืนยันว่า ข้อตกลงดังกล่าวจะมีจริงหรือไม่ ซึ่งแม้การกล่าวเสวนาของจำเลยจะใช้ถ้อยคำที่เกินเลยไปบ้าง แต่ก็เป็นไปในลักษณะของการแสดงความคิดเห็นโดยสุจริต และโจทก์เป็นบุคคลสาธารณะ ตัดสินยกฟ้องจำเลยทั้ง 11 ราย[8]

วันเดียวกัน ศาลอาญาได้อ่านคำพิพากษาคดีหมายเลขดำที่ อ.1818/2549 ที่พันตำรวจโท ทักษิณ ชินวัตรและพรรคไทยรักไทยเป็นโจทก์ยื่นฟ้อง ศ.ดร.ปราโมทย์ นาครทรรพ และบริษัท แมเนเจอร์ มัลติมีเดีย กรุ๊ป จำกัด (มหาชน) กับพวกรวม 5 คน ในความผิดฐานหมิ่นประมาทด้วยการโฆษณา ดูหมิ่นด้วยการโฆษณา กรณีการพิมพ์บทความ "ยุทธศาสตร์ฟินแลนด์:แผนเปลี่ยนการปกครองไทย ?" ศาลพิพากษาให้จำคุก ศ.ดร.ปราโมทย์ และขุนทอง ลอเสรีวานิช บรรณาธิการผู้พิมพ์ผู้โฆษณาหนังสือพิมพ์ผู้จัดการรายวัน เป็นเวลา 1 ปี ปรับ 1 แสนบาท แต่ให้รอลงอาญา 2 ปี ส่วนจำเลยคนอื่น ศาลให้ยกฟ้องเพราะเห็นว่าไม่มีส่วนร่วมในการกระทำดังกล่าว[9]